Existem duas possibilidades para este erro ocorrer.
1. Nos cargos globais do Moodle as permissões estão modificadas ou não têm valores os valores por defeito.
2. Na tabela de contextos (mdl_context) a path está corrompida e os contextos estão trocados. Por exemplo, um módulo pode ter na path contextos de outras categorias ou outras disciplinas. Neste caso é necessário forçar a reconstrução da tabela de contextos.
Ver aqui como se faz: http://docs.moodle.org/19/en/How_to_rebuild_context_paths