Basicamente não conseguia aceder a algumas pastas numa conta de email a partir de qualquer cliente.
Uma vez que o formato utilizado era Maildir pude aceder diretamente às pastas da conta e remover as mensagens manualmente.
grep -l -r 'SPAM' cur | xargs rm
Para contar o numero de ficheiros dentro da pasta basta utilizar o comando
ls -1 | wc -l